python处理DICOM并计算三维模型体积
在已知DICOM和三维模型对应掩膜的情况下，计算三维模型的体积。
思路：
1、计算每个体素的体积。每个体素为长方体，x，y为PixelSpacing，z为层间距
使用pydicom.read_file读取DICOM文件，dcm_tag.PixelSpacing获取像素间距，dcm_tag.SliceLocation获取层间距
2、计算体素的个数
代码如下：
fromPILimportImage
importnumpyasnp
importpydicom
importos
defget_pixels_No(bmp_data_dir):
pixels_No=0
bmp_files=os.listdir(bmp_data_dir)
forbmpinbmp_files:
bmp_file=os.path.join(bmp_data_dir,bmp)
img=Image.open(bmp_file)
img_array=np.array(img)
#img_array.dtype为布尔类型，需要转换为Int类型，其累加和恰好为体素总和
img_array_int=img_array.astype(int)
pixels_No=pixels_No+img_array_int.sum()
returnpixels_No
defget_pixel_info(dcm_data_dir):
pixel_infos=[]
dcm_files=os.listdir(dcm_data_dir)
dcm_file_1=os.path.join(dcm_data_dir,dcm_files[0])
dcm_tag_1=pydicom.read_file(dcm_file_1)
#获取像素间距.
spacex,spacey=dcm_tag_1.PixelSpacing
#获取层间距
#有些dcm图像并不是按照InstanceNumber进行排序的，不能直接用最后一张的slicelocation减去第一张，再除以张数
SliceLocations=[]
ImagePositon_z=[]
fordcmindcm_files:
dcm_file=os.path.join(dcm_data_dir,dcm)
dcm_tag=pydicom.read_file(dcm_file)
SliceLocations.append(dcm_tag.SliceLocation)
ImagePositon_z.append(dcm_tag.ImagePositionPatient[2])
SliceLocations_max=max(SliceLocations)
SliceLocations_min=min(SliceLocations)
ImagePositon_z_max=max(ImagePositon_z)
ImagePositon_z_min=min(ImagePositon_z)
print(SliceLocations_max)
print(SliceLocations_min)
print(ImagePositon_z_max)
print(ImagePositon_z_min)
ifSliceLocations_max-SliceLocations_min<1e-10:
spacez=abs(ImagePositon_z_max-ImagePositon_z_min)/(len(dcm_files)-1)
else:
spacez=abs(SliceLocations_max-SliceLocations_min)/(len(dcm_files)-1)
pixel_infos=[spacex,spacey,spacez]
returnpixel_infos
defget_volume(dcm_data_dir,bmp_data_dir):
pixel_infos=get_pixel_info(dcm_data_dir)
pixels_No=get_pixels_No(bmp_data_dir)
volume=pixel_infos[0]*pixel_infos[1]*pixel_infos[2]*pixels_No/1000
returnvolume
#dcm=pydicom.read_file(r"E:\20181210090945_LENGHONGYINGF-44Y\Venous\0000.dcm")
#print(dcm)
#print(dcm.ImagePositionPatient[2])
#print(dcm[0x0020,0x0032].keyword,dcm[0x0020,0x0032].value)
volume=get_volume(r"E:\20181210090945_LENGHONGYINGF-44Y\Venous",r"E:\20181210090945_LENGHONGYINGF-44Y\Results\LungL")
print("体积为%.1f"%volume)
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