python 提取文件指定列的方法示例
之前用featureCount处理得到结果，要提出第一列gene_id和readcount列，首先软件输出的第一行默认是你使用的命令行，没有用，用bash批量删掉。
foriin`ls`;dosed-i'1d'$i;done
删除当前文件夹下所有文件第一行。
其实提出两列很简单，不过我受够了每次一个文件执行一次的烦。想搞成别的程序调用时命令行参数直接就行。第一次知道sys.argv这玩意，学到了。
我设置了-i输入，-o输出这两个参数来判断输入输出文件个数，不过对于错误命令行输入的判断还很欠缺，毕竟只有自己用。
上代码：
importsys
leng=len(sys.argv)
foriinrange(leng):#indextheinputfileandoutputfilelocation,maybeit'stoocomplex
ifsys.argv[i]=="-i":
it=i
ifsys.argv[i]=="-o":
out=i
foriinrange(it+1,out):#inputfilenumber(thereshouldhavesame#ofinandoutfile)
print(sys.argv[i])
file=open(sys.argv[i],'r')
f=open(sys.argv[i+out-it],'w')
count=[]
forlinesinfile.readlines():
two=[]
lines=lines.rstrip('\n')
b=lines.split('\t')
two.append(b[0])
if(b[6].startswith('.')):#chagepathtocount,someoutputproblem
b[6]="count"
two.append(b[6])
s='\t'.join(two)
f.write(s+'\n')
f.close
其实python里面str和list弄的还是昏头昏脑的，每次都要错了再改。
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