python实现mask矩阵示例(根据列表所给元素)
行和列的位置都在以下三个列表中的一列中，则对应位置为1，其余位置全为0
——[7-56,239-327,438-454,522-556,574-586]
——[57-85,96-112,221-238]
——[113-220,328-437,455-521,557-573]
代码实现
defgenerateMaskBasedOnDom(dom_path,length):
"""
:paramdom_path:thisisafilepath,whichcontainsthefollowinginformation:
[7-56,239-327,438-454,522-556,574-586][57-85,96-112,221-238][113-220,328-437,455-521,557-573]
each[...]meansonedomain
:paramlength:thisisthelengthofthisprotein
:return:themaskmatrixwithsizelengthxlength,1meansinnerdomainresiduepair,otherwise0
"""
#读取文件
withopen(dom_path,"r",encoding="utf-8")asfile:
contents=file.readlines()
#获得mask位置数据
list0=[]
list1=[]
list2=[]
forlist_idx,contentinenumerate(contents):
num_range_list=content.strip()[1:-1].split(",")
fornum_rangeinnum_range_list:
start_num=int(num_range.split("-")[0])
end_num=int(num_range.split("-")[1])
fornuminrange(start_num,end_num+1):
iflist_idx==0:
list0.append(num)
eliflist_idx==1:
list1.append(num)
else:
list2.append(num)
mask=np.zeros((length,length))
#遍历矩阵每个元素
forrowinrange(mask.shape[0]):
forcolinrange(mask.shape[1]):
if(rowinlist0andcolinlist0)or(rowinlist1andcolinlist1)or(rowinlist2andcolinlist2):
mask[row][col]=1
returnmask
if__name__=="__main__":
#ifnodomfile,pleasegetdomfilefirst
withopen("dom.txt","w",encoding="utf-8")asf:
f.write("[7-56,239-327,438-454,522-556,574-586]"+"\n"+"[57-85,96-112,221-238]"+"\n"+"[113-220,328-437,455-521,557-573]")
file_path="./dom.txt"
protein_length=1000#mask_matrixsize
mask_matrix=generateMaskBasedOnDom(file_path,protein_length)
print("*************GenerateMaskMatrixSuccessful!*************")
#随机测试几组
print(mask_matrix[7][56])#1
print(mask_matrix[7][239])#1
print(mask_matrix[8][57])#0
print(mask_matrix[57][95])#0
print(mask_matrix[113][573])#1
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