两部门：开展超高速列车、超高速商用飞机等工具研制
发展目标上，《意见》明确，到 2025 年，交通运输基础研究和应用基础研究显著加强，关键核心技术取得突破，前沿技术与交通运输加速融合，初步构建适应加快建设交通强国需要的科技创新体系。到 2035 年，交通运输基础研究和原始创新能力全面增强，关键核心技术自主可控，前沿技术与交通运输全面融合，基本建成适应交通强国需要的科技创新体系。
强化交通运输高质量科技供给上，《意见》提到，加强前沿技术和颠覆性技术研发。合理统筹高速轮轨列车、高速重载货运列车研究。加强自主式交通系统成套技术研发。开展超高速列车、超高速商用飞机等新型载运工具研制，攻克海底悬浮隧道理论体系与关键技术。
推动交通运输产业创新发展方面，《意见》称，打造交通产业创新发展载体。推动产业技术创新战略联盟发展，打造综合交通产业主平台、综合交通产业园区和特色小镇，鼓励各类金融资本、社会资本支持交通运输新基建重大产业项目，促进科技成果转化与产业合作。
同时，发挥企业技术创新主体作用，强化企业在科技创新规划、计划、政策和标准中的参与度，鼓励企业依法合规拓宽融资渠道，牵头整合集聚创新资源，开展关键核心技术攻关、产业共性技术研发、科技成果转化及产业化。
交通运输部科技司副司长岑晏青解读时称，《意见》按照强供给、兴产业、促融合、提能力、优机制的思路提出了五项重点任务，每一项都有很强的针对性。
他介绍，一是强化交通运输高质量科技供给。从交通强国建设的急迫需要和长远需求出发，按照"夯基础、补短板、锻长板、增优势"的思路，提出加强基础研究和应用基础研究、攻克交通运输关键核心技术、强化现代工程技术研发、加强前沿技术和颠覆性技术研发四方面任务。
二是推动交通运输产业创新发展。坚持交通运输全产业链协同发展理念，提出促进交通建筑业高质量发展、加快重点交通装备业发展、推动运输服务业创新发展、打造交通产业创新发展载体四方面任务。
三是促进新技术与交通运输融合发展。立足交通运输多学科交叉融合与应用为主的特点，提出促进新一代信息技术与交通运输融合发展、促进先进制造技术与交通运输融合发展、促进安全绿色技术与交通运输融合发展三方面任务。
四是加强交通运输科技创新能力建设。围绕打造世界前列的科技创新能力、实现高水平科技自立自强，提出建设交通运输科技创新基地、打造高水平科技人才队伍、促进区域创新能力协调发展、深化交通运输国际科技交流合作四方面任务。
五是完善交通运输科技创新体制机制。围绕把科研单位和科研人员从繁琐、不必要的体制机制束缚中解放出来的核心思想，推动科技创新改革政策在交通运输行业落地，提出构建高质量技术标准和法规体系、激发创新主体活力、提升科技成果转化能力、营造良好科技创新环境四方面任务。